Comprendre : le nombre de reproduction "R"

Qu’est-ce que le "R effectif" (Reff) et pourquoi un R supérieur à 1 n’est pas le signe d’une seconde vague ?

Le nombre de reproduction de la COVID-19, aussi appelé « R effectif », est une estimation (sur les 7 derniers jours) du nombre moyen de personnes contaminées par un porteur du virus. Alors que le R0 indique le nombre de reproduction initial (soit en début d’épidémie) le Reff, lui, désigne le nombre de reproduction pendant la crise.

Depuis le 16 juin 2020, celui-ci est obtenu à partir du nombre quotidien de tests PCR (tests effectués dans le nez) positifs. Avant cela, ce taux était calculé à partir des passages aux urgences. Son calcul prend en compte plusieurs paramètres, dont le délai moyen d’apparition d’un nouveau cas contaminé par une personne porteuse du virus (appelé intervalle de génération).

Un R inférieur à 1 reflète une diminution du nombre de nouveaux cas (un porteur du virus contamine moins d’une personne, il y a donc moins de cas à la génération suivante) alors qu’un R supérieur à 1 traduit une tendance à l’augmentation du nombre de cas (un porteur du virus contamine plus d’une personne, il y a donc plus de cas à la génération suivante).

Cependant, cette valeur n’est qu’un indicateur et comme tous les indicateurs, elle ne doit pas être appréhendée seule. En effet, ce nombre de reproduction du virus varie dans le temps et dans l’espace, en particulier lorsque les chiffres sont faibles (ce qui est le cas actuellement en France métropolitaine).

Lorsque le nombre de cas est faible, comme c’est actuellement le cas dans la plupart des régions en France, ce nombre (R effectif) est particulièrement sensible aux variations, même faibles, du nombre de cas. Par exemple, en cas de cluster avec investigation d’un grand nombre de contacts ou lors de campagne de dépistage massive, le Reff peut rapidement augmenter sans toutefois signifier une reprise de circulation active intense du virus. Une fois que la situation est maîtrisée celui-ci redescend, comme en région Occitanie où le R=1,51 (sur la semaine du 6 au 12 juin 2020) et R=0,74 (sur la semaine du 13 au 19 juin 2020), il faut donc interpréter cet indicateur à l’aune de son évolution dans le temps.

Les indicateurs de surveillance épidémique :

Quatre indicateurs sont pris en compte pour surveiller l’épidémie de la COVID-19 :

Le taux d’incidence : estimé sur la base du nombre de tests RT-PCR (tests effectués dans le nez) positifs pour 100 000 habitants, par semaine (calculé sur la période J-3 à J-9).

Seuil de vigilanceSeuil d’alerte
10 < x <50 x > 50

Le nombre de reproduction effectif (R effectif) : correspond au nombre moyen de personnes qu’une personne malade va contaminer.

Seuil de vigilanceSeuil d’alerte
1 < x <1,5 x > 1,5

Les tensions hospitalières sur les lits de réanimation : correspondant au taux moyen d’occupation des lits de réanimation par des patients atteints de COVID-19, par rapport à la capacité initiale de lits en réanimation (enquête SAE 2018), par région :

Seuil de vigilanceSeuil d’alerte
40% < x < 60% x > 60%

Le taux de positivité des tests RT-PCR : correspondant au taux de positivité des prélèvements virologiques (tests effectués dans le nez) réalisés dans chaque département :

Seuil de vigilanceSeuil d’alerte
5% < x < 10% x > 10%

Dès lors qu’un seuil (de vigilance et/ou d’alerte) est franchi, une analyse de risque approfondie est lancée afin d’identifier les causes du signal et déclencher une alerte si cela s’avère nécessaire. Les seuils retenus sont particulièrement sensibles, ce qui permet une réaction précoce et donc la prise rapide de mesures en cas de détérioration avérée de la situation épidémiologique.
En plus de l’investigation des alertes quotidiennes, une analyse de risque territorialisée approfondie est menée chaque semaine par le ministère des Solidarités et de la Santé en lien avec Santé publique France, la CNAM et les Agences régionales de santé, et tient compte des éléments suivants :

  • La vulnérabilité épidémiologique (indicateurs Santé publique France) et en particulier la présence de clusters ayant un niveau de criticité (gravité) élevé,
  • Les tensions sur l’offre de soins,
  • Les tensions sur les approvisionnements (en matériel, en produits de santé, par exemple),
  • Les situations particulières impactant la gestion locale de la crise COVID-19 (co-circulation épidémique, vague de chaleur, climat social),
  • Les difficultés signalées en lien avec les dispositifs de test et de traçage des cas contacts.

Cette analyse de risque est ensuite transmise au Centre Interministériel de Crise afin que l’ensemble des acteurs aient une vision partagée de la situation sanitaire en France et de son évolution dans le temps.