Les sites anatomiques d’infections nosocomiales par ordre de fréquence la plus importante sont : l’appareil urinaire, les voies respiratoires, le site opératoire (intervention chirurgicale) et le système sanguin. La fréquence n’est pas synonyme de gravité. Ainsi, les infections urinaires sont les plus fréquentes mais ne sont en général pas graves.
Les germes les plus fréquemment identifiés lors d’une infection nosocomiale sont Escherichia coli, Staphylococcus aureus (staphylocoque doré) et Pseudomonas aeruginosa ("pyo").